正在調查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛隊二尉有動貴文（大澄賢也），遇到了突然出現的藍光，受發光體的影響，導致遺傳因子標準的變質，變成了兇惡的怪獸THE ONE。之後，他（THE ONE）從防衛廳內的特殊機關BCST（對生物工程學的研究機關）的監視下逃走，從此就沒了音訓。
另一方面，航空自衛隊F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點時間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢決定辭去官職。在最後一次飛行中真木與“紅色發光體”在空中相遇。這是the one事件後3個月發生的事情。但是真木奇蹟般地生還，然後轉職成為了民航機飛行員，展開了新生活。對這樣的真木還是有機關非常關注，尤其是BCST中的化學擔當官水原沙羅，BCST將真木強制帶走，在廢工廠中搭建的BCST研究室進行身體上的監視。此時行蹤不明的怪獸THE ONE像被某種東西吸引而回來了。遭受THE ON...
