堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣佈不再演奏鋼琴轉而攻向管風琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準備在落成之日舉行演奏會。然而在演奏會之前，堂本音樂學院的學生相繼死去，先是爆炸案，後是單個被殺。
園子帶著柯南一行人來聽排練，認識了女高音歌唱家秋庭憐子，擁有絕對音感的秋庭也開始遭遇到危險：潤生茶被下藥、作森林浴時遭遇空氣槍襲擊、試演會當天更遭擊暈。
然而就是從這些事件中，柯南找到了推理的邏輯：兇手試圖把秋庭排除在兇殺外。這邊已經正式開演的演奏會渾然不知音樂大廳外已是爆炸連天，小蘭、灰原哀以及演奏廳內的一千多人頓時危在旦夕，絕對音感成為了唯一的救命線索。柯南找到了爆炸的邏輯，要在罪犯引爆最後一個炸彈前，把他找出來。
