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遊城十代在前往deueru學術高中的入學考試的途中與傳說中挑戰者武藤遊戲戲劇性的相遇，並接受了1張卡片。但十代因此而遲到錯過了考試。為此十代懇求cronos教授讓他同過考試之後就展開了挑戰者之路。本作品是繼承了動畫《遊戲王－怪獸之決鬥》世界觀的新系列第2部。男主角從原作的武藤遊戲更換為遊城十代，一些基礎設定也煥然一新。但舞臺與《遊戲王－怪獸之決鬥》是同一個世界，前作的登場人物也有數名登場。
